判断的标准不在《公司法》，而是在《合同法》第50条。《合同法》第50条规定的是表见代表制度，“法人或者其他组织的法定代表人、负责人超越权限订立的合同，除相对人知道或者应当知道其超越权限的以外，该代表行为有效。”这与第49条规定的表见代理制度相类似。代理制度是民法上的重要制度，法律对此规定比较详细，但是对于代表制度的规定却很简单，什么叫做代表、违反了代表的效力怎么样认定，均没有具体规定，大陆法系国家都是如此。代理和代表是两个不同的制度。公司的董事长，按照《公司法》的规定是公司的法定代表人，对外代表公司，代表人的行为就是法人的行为，不需要通过代理；但是公司的总经理是公司的代理人，他对外签订的合同根据的是公司的授权，适用的是代理制度，日常生活中不需要出示委托时是基于其特定的身份、是基于他与法人之间的组织关系决定。但两种行为的性质不同，董事长签订合同超越权限适用《合同法》第50条表见代表的规定；总经理或其他员工签订合同超越权限第49条表见代理的规定。

因此，对于违反《公司法》第16条的行为，由于其属于非效力性规定，《公司法》也并未规定违反后是否有效，因此不能仅以违反第16条认定合同无效，最终的效力判定适用《合同法》第50条表见代表制度，即若相对人（债权人、银行）明知或应知借款人是担保人股东、实际控制人在未经过担保人股东会决议程序的情形下仍然接受担保发放贷款，担保合同可能无效；若相对人不知借款人是担保人股东、实际控制人应当认定担保合同有效。